Stuxnet бил по уязвимостям, которые уже были закрыты — просто не везде. Большинство успешных атак работают так же. Автообновление — не опция, это необходимость.
Использовать антивирусы с поведенческим анализом
Сигнатурный защищает от прошлого, поведенческий — от того, что ещё неизвестно. В идеале работают вместе. Не экономьте на этом.
Не доверять носителям и ссылкам
Stuxnet начался с флешки. Сегодня - с письма или ссылки, которая выглядит нормально. Секунда внимательности решает.